D.Gray-man

少年ジャンプ系列連載、星野桂氏の漫画作品。
丸呑み、というか水の身体を持つ怪物に取り込まれるシーンがあります。
半透明なので体内の様子が見えますが、水に溺れているような表現です。
詳細情報は以下を参照ください。

以下、掲示板より抜粋 (詳細情報の提供に感謝します。)

週刊少年ジャンプ→月間ジャンプ→季刊ジャンプに移籍したダークファンタジー漫画。
『機械』と『魂』と『悲劇』を材料に造（う）まれる悲しき悪性兵器、AKUMAを製造し世界の終焉を目論む「千年伯爵」と戦うエクソシストの話です。

登場する丸呑みモンスターは第12使徒「色（ラストル）」を司る女性のノア、ルル＝ベル。
人や生物・無機物に化けることができ、手を鞭のような形状にしたり、全身を液体状にしたりする事も可能。

丸呑みにされるのは、エクソシストの一員であるミランダ＝ロットー。
努力家だがかなりネガティブで幼い頃から要領が悪く、100回以上の失業経験がある。
初期は何をやらせても駄目であったが現在は技術的にも能力的にも成長し、周りの役に立っている。

なお、下記の旧アニメの99話にも同様のシーンがありますので此方もお勧めです。

話数…第99話「色のノア」
DVD…D.Gray-man 2nd stage 12
放映期間…2006年10月3日 - 2008年9月30日

丸呑み内容として、第15巻に収録されている第143話「シセン」に丸呑みシーンがあります。
第143話「シセン」は、エクソシスト元帥と本部襲撃に来たルルとの戦闘の話。
圧倒的な力でアクマ達は一網打尽にしてしまった元帥達は、AKUMAの「卵」を破壊しようと試みる。すると突然、ミランダが床から噴き出した水柱の中に閉じ込められてしまい、水柱は女性の姿へと形を変えていく。
その後しばらくミランダがルルの体内に取り込まれた状態で話が進み、最終的にはルルがミランダを盾にしようとして体内から引きずり出します。