| 学校名(２００４年) | ２００９年 | 備考 | その他 |
| 壱岐 | |||
| 壱岐商 | |||
| 宇久 | |||
| 海星 | |||
| 長崎明誠 | |||
| 五島 | |||
| 五島商 | 五島海陽 | ||
| 口加 | |||
| 国見 | |||
| 佐世保工 | |||
| 佐世保高専 | |||
| 佐世保実 | |||
| 佐世保商 | |||
| 佐世保西 | |||
| 佐世保東商 | 佐世保東翔 | ||
| 佐世保南 | |||
| 佐世保北 | |||
| 鹿町工 | |||
| 小浜 | |||
| 松浦 | |||
| 上五島 | |||
| 上対馬 | |||
| 西海学園 | |||
| 西彼杵 | |||
| 西陵 | |||
| 川棚 | |||
| 創成館 | |||
| 対馬 | |||
| 大崎 | |||
| 大村 | |||
| 大村工 | |||
| 中五島 | |||
| 長崎工 | |||
| 長崎商 | |||
| 長崎西 | |||
| 長崎総大附 | |||
| 長崎東 | |||
| 長崎南 | |||
| 長崎南山 | |||
| 長崎南商 | 閉校(０８年) | ||
| 長崎日大 | |||
| 長崎北 | |||
| 長崎北陽台 | |||
| 鎮西学院 | |||
| 島原 | |||
| 島原工 | |||
| 島原中央 | |||
| 島原南 | 島原翔南 | ||
| 島原農 | |||
| 波佐見 | |||
| 平戸 | |||
| 北松西 | |||
| 北松南 | 清峰 | ||
| 野母崎 | １１年閉校予定 | ||
| 猶興館 | |||
| 瓊浦 | |||
| 諫早 | |||
| 諫早商 | |||
| 諫早東 | |||
| 諫早農 | |||
| 長崎鶴洋 | (０４年に校名改称) | ||
| 富江(軟式→硬式) | (０９年募集停止→１１年閉校予定) |